Para introducir un valor en el array bidimensional usamos el bucle for usando de contador el índice:

int mi_array_for[3][3];Nombre del array con tres filas y tres columnas
for (int fila = 0; fila < 3; fila++) ->Damos el valor a la variable fila 0 mientras sea menor de 3 le incrementamos +1 se mantiene en el bucle.

dentro de este bucle creamos otro que incremente la columna algo así.

for (int columna = 0; columna < 3; columna++)
{ aquí ponemos cin para pedir el valor de la columna por teclado mientras no sea mayor de 3 incrementamos +1